Trên container có rất nhiều loại ký, mã hiệu thể hiện những ý nghĩa khác nhau. Tiêu chuẩn hiện hành quy định đối với các ký mã hiệu container là ISO 6346:1995, theo đó, các nhãn hiệu này chia thành những loại chính sau:

• Hệ thống nhận biết (identification system)
• Mã kích thước và mã loại (size and type codes)
• Các ký hiệu khai thác (operational markings)

1. Hệ thống nhận biết (identification system)

• Hệ thống nhận biết của container bao gồm 4 thành phần
• Mã chủ sở hữu (owner code)
• Ký hiệu loại thiết bị (equipment category identifier / product group code)
• Số sê-ri (serial number / registration number)
  Chữ số kiểm tra (check digit)

.

- Mã chủ sở hữu (owner code): Mã chủ sở hữu (còn gọi là tiếp đầu ngữ container) bao gồm 3 chữ cái viết hoa được thống nhất và đăng ký với cơ quan đăng kiểm quốc tế thông qua cơ quan đăng kiểm quốc gia hoặc đăng kí trực tiếp với Cục container quốc tế - BIC (Bureau International des Containers et du Transport Intermodal). Sau khi đăng ký, việc sở hữu mã này mới được chính thức công nhận trên toàn thế giới. Một hãng có thể sở hữu một hoặc nhiều mã khác nhau, mặc dù BIC hạn chế điều này, và đưa ra những điều kiện nhất định cho việc đăng kí nhiều mã.
Ở Việt Nam, đến đầu năm 2010, có 6 công ty đăng kí mã tiếp đầu ngữ với BIC, chi tiết như dưới đây.

Một số công ty khác đang sở hữu, khai thác container với những đầu ngữ nhất định, nhưng chưa đăng ký với BIC, chẳng hạn như Biển Đông dùng đầu ngữ BISU, Vinafco dùng đầu ngữ VFCU... Việc sử dụng các đầu ngữ không đăng ký như vậy có một số bất lợi. Thứ nhất, điều này trái với nội dung quy định trong Phụ lục G của tiêu chuẩn ISO 6343, có điều khoản quy định về đăng ký mã xác định chủ sở hữu với BIC để được bảo vệ quyền sở hữu đối với mã này trên phạm vi quốc tế. Thứ hai, BIC khuyến cáo, container không được đăng ký tiếp đầu ngữ, trong quá trình lưu thông, có thể bị hải quan giữ, kiểm tra, và có thể không được lưu thông tự do như trong Công ước hải quan về container (Customs Convention on Containers) quy định. Điều này sẽ gây bất lợi hoặc thậm chí cản trở toàn bộ quá trình vận tải. Thứ ba, việc không đăng ký và không được thừa nhận về quyền sở hữu đối với tiếp đầu ngữ và kéo theo là quyền sở hữu container dễ dẫn đến nhầm lẫn, khiếu nại, và có thể dẫn đến mất container.

- Ký hiệu loại thiết bị: là một trong ba chữ cái dưới đây viết hoa, tương ứng với một loại thiết bị:

U: container chở hàng (freight container)
J: thiết bị có thể tháo rời của container chở hàng (detachable freight container-related equipment)
Z: đầu kéo (trailer) hoặc mooc (chassis)

Việc sử dụng bất kỳ chữ cái nào không thuộc ba chữ cái trên (U; J; Z) làm ký hiệu loại thiết bị được coi là không tuân theo tiêu chuẩn ISO 6346.

- Số sê-ri (serial number): đây chính là số container, gồm 6 chữ số. Nếu số sê-ri không đủ 6 chữ số, thì các chữ số 0 sẽ được thêm vào phía trước để thành đủ 6 chữ số. Chẳng hạn, nếu số sê-ri là 1234, thì sẽ thêm 2 chữ số 0, và số sê-ri đầy đủ sẽ là 001234. Số sê-ri này do chủ sở hữu container tự đặt ra, nhưng đảm bảo nguyên tắc mỗi số chỉ sử dụng duy nhất cho một container.

- Chữ số kiểm tra (check digit): là một chữ số (đứng sau số sê-ri), dùng để kiểm tra tính chính xác của chuỗi ký tự đứng trước đó, gồm: tiếp đầu ngữ, số sê-ri. Với mỗi chuỗi ký tự gồm tiếp đầu ngữ và số sê-ri, áp dụng cách tính chữ số kiểm tra container, sẽ tính được chữ số kiểm tra cần thiết.

Việc sử dụng số kiểm tra là để giảm thiểu rủi ro sai sót trong quá trình nhập số container. Thực tế là số container được nhiều đối tượng sử dụng (chủ hàng, forwarder, hãng tàu, hải quan...), nhiều lần, trên nhiều chứng từ (B/L, Manifest, D/O...), do đó khả năng nhập sai số là rất lớn. Mỗi số container (gồm tiếp đầu ngữ và số sê-ri) sẽ tương ứng với một chữ số kiểm tra. Do đó, việc nhập sai số phần lớn sẽ bị phát hiện do chữ số kiểm tra khác với thực tế. Tuy vậy, cũng cần lưu ý điều này không phải tuyệt đối, bởi nếu sai 2 ký tự trở lên thì có thể số kiểm tra vẫn đúng, và sai sót không bị phát hiện ra.

2. Mã kích thước và mã kiểu (size and type codes)

- Mã kích thước: 2 ký tự (chữ cái hoặc chữ số). Ký tự thứ nhất biểu thị chiều dài container, chữ số 4 trong ví dụ trên thể hiện chiều dài container này là 40ft (12,192m). Ký tự thứ hai biểu thị chiều rộng và chiều cao container, chữ số 2 biểu thị chiều cao 8ft 6in (2,591m).

- Mã kiểu: 2 ký tự. Ký tự thứ nhất cho biết kiểu container, trong ví dụ trên: G thể hiện container hàng bách hóa. Ký tự thứ hai biểu thị đặc tính chính liên quan đến container, số 1 (sau chữ G) nghĩa là container có cửa thông gió phía trên.

Tóm lại, 42G1 trong hình trên thể hiện container bách hóa dài 20ft, cao 8ft 6in, thông gió phía trên.

Tiêu chuẩn ISO 6346:1995 quy định chi tiết ý nghĩa các mã kích thước và mã kiểu.

3. Các dấu hiệu khai thác (operational markings)

Các dấu hiệu trong khai thác gồm hai loại: bắt buộc và không bắt buộc

- Dấu hiệu bắt buộc: tải trọng container, cảnh báo nguy hiểm điện; container cao.

• Trọng lượng tối đa (maximum gross mass) được ghi trên cửa container, số liệu tương tự như trong Biển chứng nhận an toàn CSC. Một số container cũng thể hiện trọng lượng vỏ (tare weight), trọng tải hữu ích (net weight) hay lượng hàng xếp cho phép (payload)

• Dấu hiệu cảnh báo nguy hiểm điện từ đường dây điện phía trên, dùng cho tất cả các container có lắp thang leo.

• Dấu hiệu container cao trên 2,6 mét: bắt buộc đối với những container cao trên 8ft 6in (2,6m). Chẳng hạn, hình trên thể hiện container cao 9ft 6in (2,9m)

- Dấu hiệu không bắt buộc: khối lượng hữu ích lớn nhất (max net mass), mã quốc gia (country code)

• Khối lượng hữu ích lớn nhất (max net mass) dán trên cửa container, phía dưới dấu hiệu trọng lượng container tối đa.

• Mã quốc gia (country code) gồm 2 chữ cái viết tắt thể hiện tên quốc gia sở hữu container. Trong hình dưới đây, US viết tắt của United Stated Hoa Kỳ.

Ngoài ba loại ký mã hiệu chính, trên vỏ container còn các dấu hiệu mô tả các thông tin cần thiết khác.

• Biển chứng nhận an toàn CSC
• Biển Chấp nhận của hải quan
• Ký hiệu của tổ chức đường sắt quốc tế UIC (IC codes)
• Logo hãng đăng kiểm
• Test plate (của đăng kiểm), dấu hiệu xếp chồng (stacking height)
• Tên hãng (Maersk, MSC...), logo, slogan (nếu có)
• Mác hãng chế tạo (CIMC, VTC...)
• Ghi chú vật liệu chế tạo vách container (corten steel), hướng dẫn sửa chữa (...repaired only with corten steel)
• Bảng vật liệu chế tạo các bộ phận container; các lưuý...
• Thông tin về xử lý gỗ (ván sàn)
• Nhãn hàng nguy hiểm (nếu có)