Với mô hình 3 khối, đề án thông quan điện tử tập trung (TQĐTTT) đang được kỳ vọng sẽ tạo môi trường chuyên nghiệp và minh bạch, giảm tối đa tỷ lệ tiếp xúc giữa Hải quan và DN.
Việc xử lý dữ liệu phân tán, cục bộ, đơn lẻ tại các điểm thông quan dẫn  đến chưa thống nhất quyết định phân luồng và xử lý thông quan tại các  chi cục
Theo trình bày Đề án thông quan điện tử tập trung (TQĐTTT) của Cục  trưởng Cục Hải quan Bình Dương (HQBD) tại Hội thảo lấy ý kiến về Đề án  TQĐTTT, hiện nay, tất cả các chi cục trực thuộc Cục HQBD đều đã triển  khai thủ tục hải quan điện tử, với tỷ trọng trên 48% tổng kim ngạch XNK.  Tuy nhiên, phần nhiều là thông quan điện tử theo mô hình phân tán tại  các chi cục. 
Với mô hình 3 khối gồm: Khối 1: tiếp nhận, xử lý dữ liệu tập trung và  phản hồi thông tin khai hải quan, là đơn vị được thành lập mới trực  thuộc Cục. Khối 2: quản lý trực tiếp các DN; thực hiện kiểm tra chi tiết  hồ sơ giấy của các DN do chi cục quản lý... Khối 3: kiểm tra thực tế  hàng hóa là đơn vị được thành lập mới trên cơ sở các địa điểm kiểm tra  hiện tại nhưng tập trung lại để đầu tư, trang bị hiện đại đã tiết kiệm  thời gian cho cả Hải quan và DN, mô hình cho phép cả Hải quan và DN tiết  kiệm nhân sự; thông quan hàng hóa nhanh và hạn chế tiếp xúc giữa Hải  quan và DN tránh phát sinh tiêu cực, nhũng nhiễu. Mô hình này là tiền đề  của mô hình hải quan hiện đại, tiến tới mô hình thông quan tập trung  cấp Tổng cục theo định hướng của Bộ Tài chính tại Quyết định số  456/QĐ-BTC và chiến lược phát triển hải quan đến năm 2020 nhằm góp phần  thúc đẩy sự phát triển kinh tế đất nước trong thời kỳ hội nhập kinh tế  thế giới.
Tuy nhiên, do đang triển khai thí điểm nên mô hình này cũng bộc lộ không  ít hạn chế như hệ thống CNTT đầu tư theo mô hình thông quan phân tán ở  cấp chi cục, tính tích hợp và tự động hóa không cao; hệ thống mạng, máy  chủ và thiết bị phụ trợ phải đầu tư nhiều và dàn trải tại tất cả các chi  cục nên rất tốn kém và không đồng bộ. Số lượng máy chủ dự phòng nhiều,  đầu tư rất tốn kém; hệ thống hạ tầng mạng chưa ổn định, hệ thống CNTT và  nhân lực của DN yếu; trụ sở cơ quan Cục và nhiều chi cục chưa phù hợp  theo yêu cầu cải cách, phát triển và hiện đại hóa. Việc xử lý dữ liệu  phân tán, cục bộ, đơn lẻ tại các điểm thông quan dẫn đến chưa thống nhất  quyết định phân luồng và xử lý thông quan tại các chi cục. Đặc biệt,  vẫn còn hiện tượng tiếp xúc giữa công chức hải quan và DN vì cán bộ  quyết định phân luồng vẫn bố trí ở cấp chi cục, đây cũng là nguyên nhân  làm hạn chế tính chuyên sâu, chuyên nghiệp và tích lũy kinh nghiệm của  CBCC ở các bước trước đó. Do đặc thù của địa phương và mô hình thông  quan thực hiện phân tán tại các chi cục nên mỗi chi cục hiện nay đều  phải thành lập 1 địa điểm kiểm tra riêng.
Ông Nguyễn Mạnh Tùng - Phó trưởng Ban cải cách hiện đại hóa TCHQ cũng  thừa nhận, quy định về mặt pháp lí không vướng nhiều lắm khi triển khai  mô hình này. Tuy nhiên, do cả 3 khối đều có thể ra quyết định thông quan  hàng hóa, nên việc xử lý CNTT phải nhuần nhuyễn, liên thông cả 3 khối  là việc phải được tính đến.
Với đặc thù của Bình Dương là khối lượng hàng hóa được miễn kiểm tra  chiếm tỷ lệ trên 83%, chính vì thế TQĐT theo mô hình tập trung sẽ rất  hiệu quả. Tuy nhiên, mô hình TQĐTTT nên kết hợp với Đại lý thủ tục hải  quan để tập trung vào một đầu mối, giúp thông quan hàng hóa cho DN nhanh  hơn, tốt hơn. Bên cạnh đó cần có giải pháp cho công tác điều hành chống  buôn lậu, quản lý rủi ro để công tác quản lý được tốt hơn.
Ông Nguyễn Đức Thuấn - Chủ tịch Hiệp hội da giày VN bày tỏ sự đồng tình  việc triển khai TTHQĐT. Tuy nhiên, đứng về góc độ DN, ông Thuấn cũng đề  nghị phía Hải quan khi xây dựng đề án nên phối hợp với các hiệp hội,  ngành hàng để hướng dẫn DN đầu tư, xây dựng nền tảng CNTT.
Sau khi nghe các ý kiến góp ý, phó Tổng cục trưởng TCHQ Vũ Ngọc Anh  khẳng định quyết tâm của ngành Hải quan là thực hiện mô hình xử lí dữ  liệu tập trung với tinh thần phải thỏa mãn các tiêu chí về minh bạch, an  toàn, an ninh... và tạo thuận hơn nữa cho DN. Trong thời gian tới,  ngành hải quan sẽ tiếp tục rút kinh nghiệm để đưa ra được phương thức  phù hợp nhất có thể mở rộng áp dụng được trong toàn ngành.